La carrera de Eduardo Lobos tuvo brillantes episodios como el título junto a Colo Colo en el Torneo de Clausura 2002, año donde el "Cacique" se declaró en quiebra y apeló a los formados en casa para sacar adelante la situación.
También rozó la gloria con Unión Española en 2012, disputó un Mundial con la Roja Sub 20 en 2001 y jugó en Rusia, específicamente en el Krylia Sovetov.

Tras el retiro en 2019, siguió vinculado a la actividad y actualmente desarrolla un rol formativo en Santiago United Academy, institución que tiene como finalidad el desarrollo y proyección de jugadores.
"Me pareció interesante desde un buen inicio: hay que preparar a los jugadores de diferentes edades, características, cualidades para que lleguen mejor preparados a una posible prueba que pueda tener en los clubes. Entonces, es un lindo desafío. Hay sueños, hay ilusión de los chicos y de los padres también", indicó.

